Faxaflóahafnir tóku til starfa 1. janúar 2005. Reykjavíkurborg, Akraneskaupstaður, sveitarfélagið Borgarbyggð, Skorradalshreppur og Hvalfjarðarsveit sameinuðu hafnir sínar í einu félagi. Faxaflópahafnir starfa því á grunni Gömlu hafnarinnar í Reykjavík, Sundahafnar, Akraneshafnar, Grundartangahafnar og hafnarinnar í Borgarnesi og byggði á liðlega 100 ára hafnarsögu auk þess sem allar hafnirnar hafa verið mikilvægur hluti atvinnulífs og sögu þeirra sveitarfélaga sem stofnuðu hið sameinaða hafnarfyrirtæki.
Eitt af meginmarkmiðum með stofnun sameinaðs hafnarfyrirtækis var að tryggja að gáttir samfélagsins inn og út úr landinu yrðu svo víðar að ekki þrengdi að þessum slagæðum efnahags þjóðarinnar. Samhliða áttu Faxaflóahafnir að tryggja jákvæð áhrif á umhverfi sitt með skynsamlegri nýtingu lands og hagkvæmri uppbyggingu innviða á sviði hafnarmála.
„Rekstur þessara hafna undir einum hatti hefur leitt af sér meiri sérhæfingu hverrar hafnar og því bættri þjónustu við viðskiptavini. Nýting innviða og tækjakosts er betri fyrir vikið sem skilað hefur lægri kostnað en ella. Sameiningin hefur því verið happaskref, fyrir notendur, eigendur og jafnframt samfélagið allt,“ segir Gunnar Tryggvason hafnarstjóri.