Um rekstur Faxaflóahafna sf, sem og annarra hafna landsins, gilda hafnalög. nr. 61 27. mars 2003, sem tóku gildi 1. júlí 2003.
Önnur lög og reglugerðir, sem hafnir starfa eftir eru t.d.:
Með gildistöku núverandi hafnalaga fellur rekstur hafna undir lög um virðisaukaskatt og hefur ríkisskattstjóri gefið út leiðbeiningar um virðisaukaskatt af rekstri hafna.
