Um rekstur Faxaflóahafna sf, sem og annarra hafna landsins, gilda hafnalög. nr. 61 27. mars 2003, sem tóku gildi 1. júlí 2003.
Önnur lög og reglugerðir, sem hafnir starfa eftir eru t.d.:
Hafnarreglugerð fyrir Faxaflóahafnir sf
Reglugerð um hafnamál
Lög um varnir gegn mengun hafs og strandar
Lög um siglingavernd
Lög um leiðsögu skipa
Lög um stjórn fiskveiða
Reglugerð um vigtun og skráningu sjávarafla
Með gildistöku núverandi hafnalaga fellur rekstur hafna undir lög um virðisaukaskatt og hefur ríkisskattstjóri gefið út leiðbeiningar um virðisaukaskatt af rekstri hafna.